Ganz gewöhnliche Menschen überall auf der Welt entdecken plötzlich, dass außergewöhnliche Kräfte in ihnen stecken. Während Mohinder Suresh, ein indischer Genetiker, versucht, das Geheimnis der Heroes zu lüften, tritt mit Noah Bennett ein Mann auf den Plan, der eine mysteriöse Geheimorganisation repräsentiert.
Einer der Heroes, Isaac Mendez, kann dank seiner Fähigkeiten ansatzweise in die Zukunft sehen. Er warnt davor, dass New York von einer gigantischen Explosion heimgesucht wird. Von nun an bündeln die Superhelden ihre Fähigkeiten, um die Katastrophe zu verhindern. Doch auch die geheimnisvolle Organisation ist nicht untätig. Ein Konflikt ist unausweichlich.