Disc 1: Die Invasion: Kampf um die Erde; Freund oder Feind; Zerstörerin der Welten; Virtueller Alptraum
Disc 2: Der Sarkophag; Rückkehr des Thor; Trojanische Kugel; Der verlorene Sohn
Disc 3: Sha'Res Rückkehr; Insekten des Todes; Die Tok'ra, Teil 1; Die Tok'ra, Teil 2
Disc 4: Geister; Das zweite Tor; Das schwarze Loch; Die fünfte Spezies
Disc 5: Der Sturz des Sonnengottes; Seelenwanderung; Tödliche Klänge; Neue Feinde
Disc 6: 1969; Die Höhle des Löwen, Teil 1
Unter den 22 Episoden der zweiten Staffel schließt "The Serpent's Lair" den Cliffhanger zu Ende der ersten Staffel ab und liefert eine Achterbahnfahrt voller schlauer Einfälle, überraschender Wendungen und hochwertiger Spezialeffekte, während sich das Team von SG-1 zu einer selbstmörderischen Mission entschließt. Im Zweiteiler "The Tok'ra" stirbt Sams Vater, der ihr entfremdet war, an Krebs, aber gemäß ihrer Verpflichtung rettet sie ein Mitglied der Tok'ra, der abtrünnigen Goa'uld, welches ebenfalls im Sterben liegt.
In "Show and Tell" erfährt der Handlungsbogen eine dramatische Richtungsänderung, als ein Kind auftaucht, welches davor warnt, dass einige Überlebende eines Angriffs der Goa'uld jeden eliminieren wollen, der ihren Feinden Unterschlupf gewährt, was für den gesamten Planeten Erde zutrifft. "1969" bietet eine tolle Geschichte über Zeitreisen, in der viele Handlungsfäden der Serie miteinander verwoben werden, und im Cliffhanger-Finale "Out of Mind" wacht Jack ähnlich wie in Aliens 79 Jahre in der Zukunft auf.